Bioinformática
Objectives
Conhecimentos • Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evolução e epidemiologia molecular. • Armazenamento de informação: bases de dados. • Alinhamentos de sequências. • Exploração e utilização de sistemas públicos de procura de sequências similares: BLAST. • Árvores filogenéticas. Aptidões • Conhecer os conceitos de evolução fundamentais para serem utilizados em Saúde Pública. • Conhecer os sistemas públicos de procura de dados mais importantes. • Saber fazer alinhamento de sequências genómicas e árvores filogenéticas. • Saber analisar a informação obtida no contexto da Saúde Pública. Competências • Saber que recursos utilizar – bibliográficos, metodológicos ou tecnológicos - para resolver um problema científico utilizando recursos bioinformáticos.
General characterization
Code
827023
Credits
4
Responsible teacher
Ana Barroso Abecasis
Hours
Weekly - 20
Total - Available soon
Teaching language
Inglês e Português
Prerequisites
Bibliography
Teaching method
Evaluation method
Subject matter
I. Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evoluçãoe epidemiologia molecular. O código genético Mutações: transições e transversões Evolução e fixação de mutações Pressão selectiva Modelos de evolução estocásticos ou determinísticos Taxa de evolução Relógio molecular II.Armazenamento de informação: bases de dados. Bases de dados primárias e secundarias Procura de literatura e organização da informação Bases de dados de sequências nucleotídicas Bases de dados de sequências de aminoácidos III.Alinhamentos de sequência Homologia vs Similaridade Definição de alinhamento Tipos de alinhamentos Alinhamentos por pares: BLAST Alinhamentos múltiplos Alinhamentos globais vs locais Alinhamentos de nucleótidos vs Alinhamentos de aminoácidos Exercícios práticos IV.Árvores filogenéticas Definição de árvores filogenéticas Árvores com e sem raíz Monofilia vs Parafilia Métodos para estimar árvores filogenéticas Avaliação da robustez topológica Exercícios práticos