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Bioinformática

Objectives

No final desta unidade curricular os alunos devem ser capazes de:
1.Demostração de capacidade para reconhecer as potencialidades da bioinformática no domínio biomédico.
2.Aplicação dos conhecimentos teóricos adquiridos à resolução de problemas complexos, incluindo: construçãode contigsde sequência nucleotídica e identificação de sequências codificantes, utilização de bases de dadosde acesso público e pesquisa de sequências homólogas usando diversos algoritmos ou análise funcional de uma sequência proteica.
3.Aquisição de competências básicas no domínio da filogenia molecular e inferência filogenética, e aplicação das mesmas à construção e interpretação de árvores filogenéticas e à análise exploratória de sequências desconhecidas.
4.Demonstração da capacidade para uma apresentação crítica dos dados decorrentes de dois projetos de investigação propostos (avaliação).

General characterization

Code

9512025

Credits

3

Responsible teacher

Ricardo Manuel Soares Parreira

Hours

Weekly - 18

Total - Available soon

Teaching language

Português

Prerequisites

Bibliography

Teaching method

Evaluation method

Subject matter

Introdução à bioinformática. Pesquisa da literatura em bases de dados. Apresentação das bases de dados GenBank, EMBL, UniProtKB, SwissProt, PDB, InterPro e Pfam. Formatos e anotação de sequências nucleotídicas. Conceito de homologia, homologiaposicional, e similaridade. Tipos de substituições nucleotídicas. Alinhamentos de sequências nucleotídicas ou de aminoácidos e suas aplicações: global vs local, de pares vs alinhamento múltiplo. Construção de alinhamentos múltiplos de sequências: algoritmos progressivos (Clustal) e iterativos (MAFFT, Muscle). Árvores filogenéticas, modelos evolutivos e distâncias genéticas corrigidas. Reconstrução de filogenias: junção de vizinhos vs máxima verosimilhança. Robustez da topologia de uma árvore. Análise de mosaicos. Composição (G+C), estrutura de moléculas de RNA e proteínas, mapeamento físico de DNA, pesquisa de genes. Utilização de diversas ferramentas tendo em vista a identificação, caracterização, análise da possível função de proteínas.