Biologia Sintética e de Sistemas

Objectivos

A disponibilizar brevemente

Caracterização geral

Código

10827

Créditos

6.0

Professor responsável

Pedro Miguel Ribeiro Viana Baptista, Rui Manuel Freitas Oliveira

Horas

Semanais - 4

Totais - 85

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

Frequência da disciplina de regulação da expressão genética.

Bibliografia

Fontes bibliográficas são essencialmente artigos científicos.

Os seguintes livros são de interesse:

 - D. Wilkinson. Stochastic Modeling for Systems Biology, Chapman&Hall, 2006

- Alon, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Boca Raton, FL: Chapman & Hall, 2007. ISBN: 9781584886426.

- Fu P. and Panke S. Systems Biology and Synthetic Biology, John Wiley & Sons, Inc. 2009

Método de ensino

A disponibilizar brevemente

Método de avaliação

As partes do Módulo 1 e 2 do exame sao independentes e só a nota de cada módulo vai entrar no cálculo da nota final do respectivo módulo

 

AVALIAÇÃO MODULO I – Biologia de Sistemas

1) AVALIAÇÃO CONTÍNUA:

A – Relatório trabalho MATLAB 

B – Seminário sobre trabalhos MATLAB

C – Teste

 

Nota final

      Nota final avaliação contínua = 33% A+ 33% B + 33%C 

      Para aproveitamento ao módulo I o mínimo da nota final é 9,5

 

2) EXAME FINAL

A – Relatório trabalho MATLAB 

B – Seminário sobre trabalhos MATLAB

C – Exame final

 

Nota final

      Nota final exame final = 33% A+ 33% B + 33%C

      Para aproveitamento ao módulo I o mínimo da nota final é 9,5

 

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AVALIAÇÃO MODULO II – Biologia Sintética

Componente teórica:

A-Teste teórico – vale 60% nota final. Nota mínima para aproveitamento é 9.5 valores.

Em exame apenas é possível melhoria á componente teórica.

Componente prática:

B – Mini teste prático – vale 20% da nota final.

C – Trabalho de grupo  – vale 20% da nota final.

Nota minima para aproveitamento componente pratica é 9.5 valores.

Presença nas aulas práticas é obrigatória.

A nota da componente prática não é passível de melhoria em exame.

Conteúdo

Módulo I -  Biologia de Sistemas

1. Introdução à biologia de sistemas e sintética

2. Modelação baseada em restrições

2.1 Análise metabólica de fluxos

2.2.Análise de balanceamento de fluxos

2.3. Redes de regulação genética

3. Modelação estatística

3.1  Modelos não paramétricos

3.2. Métodos de classificação

3.3  Métodos de regressão linear e não-linear

4. Desenho de partes biológicas ‘standard’

5. Desenho de circuitos biológicos sintéticos


Módulo II - Biologia Sintética 

1-     Introdução à Biologia Sintética 

2-     Partes genéticas para programar bactérias 

3-     Circuitos regulatórios genéticos  

  • engenharia do comportamento colectivo

4-     Moléculas Sintéticas

  • Proteínas 
  • Ácidos Nucleicos 

5-     Biologia Sintética e Engenharia Metabólica de Leveduras   

6-     RNA em Biologia Sintética 

7-     Desafios da Biologia Sintética 

 

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: