Bioinformática Aplicada
Objetivos
- Familiarizar o aluno com bases de dados e organização de informação em Bioinformática
- Noção básica de ferramentas e técnicas bioinformáticas para
(1) análise de sequências de proteínas e DNA,
(2) análise de estruturas tri-dimensionais de proteínas,
(3) scripting, processamento de dados e organização e pesquisa em bases de dados
- Dar ao aluno uma base abrangente de técnicas de Bioinformática, permitindo e incentivando cada aluno a aprofundar o seu conhecimento daquelas que mais lhe interessarem.
Caracterização geral
Código
7134
Créditos
6.0
Professor responsável
Ludwig Krippahl, Pedro Manuel Corrêa Calvente Barahona
Horas
Semanais - 5
Totais - 48
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
Bibliografia
· "Bioinformatics – A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (2nd Edition), Baxevanis A.D. &Ouelette B.F.F., Eds. John Wiley & Sons, 2001 · “Structural Bioinformatics” Philip E. Bourne (Editor), Helge Weissig (Editor) (2003) · Páginas da web adequadas
Método de ensino
Aulas teóricas e práticas, com exposição da matéria seguida de exercícios introdução e aplicação das ferramentas e serviços abordados.
A avaliação será por trabalhos e testes ou exame, com um ensaio mais teórico acerca de uma técnica ou ferramenta específica e um trabalho prático em que o aluno aplica e aprofunda os conhecimentos na abordagem de um problema concreto. Cada aluno poderá escolher o tema de acordo com os seus interesses, dentro dos considerados relevantes e adequados pelo docente.
Método de avaliação
A avaliação é constituída por duas componentes:
-
componente laboratorial ou de projecto, constituída por dois trabalhos práticos.
-
componente teórico-prática, constituída por dois testes.
A nota da componente laboratorial ou de projecto é a média simples das notas dos dois trabalhos práticos, arredondada às décimas.
A nota da componente teórico prática é a média simples das notas dos dois testes, arredondada às décimas.
A nota final é a média simples das duas componentes da avaliação, arredondada ao inteiro mais próximo.
A nota do exame de recurso substitui a nota da componente teórico-prática.
Conteúdo
-O que é a bioinformática.
-Sequências: organização de dados, comparação, processamento, bases de dados e pesquisa.
-Filogenética, alinhamento de sequências e evolução.
-Identificação e classificação de motivos conservados em proteínas.
-Estruturas de proteínas: formatos de dados, bases de dados, classificação, modelação por homologia, threading, interacção e docking.
-Scripting para processamento e organização de dados.