Bioinformática Aplicada

Objectivos

- Familiarizar o aluno com bases de dados e organização de informação em Bioinformática

- Noção básica de ferramentas e técnicas bioinformáticas para

(1) análise de sequências de proteínas e DNA,

(2) análise de estruturas tri-dimensionais de proteínas,

(3) scripting, processamento de dados e organização e pesquisa em bases de dados

- Dar ao aluno uma base abrangente de técnicas de Bioinformática, permitindo e incentivando cada aluno a aprofundar o seu conhecimento daquelas que mais lhe interessarem.

Caracterização geral

Código

7134

Créditos

6.0

Professor responsável

Ludwig Krippahl, Pedro Manuel Corrêa Calvente Barahona

Horas

Semanais - 5

Totais - 48

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

Não há requisitos

Bibliografia

·   "Bioinformatics – A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (2nd Edition), Baxevanis A.D. &Ouelette B.F.F., Eds. John Wiley & Sons, 2001 ·   “Structural Bioinformatics”  Philip E. Bourne (Editor), Helge Weissig (Editor) (2003) ·   Páginas da web adequadas

Método de ensino

Aulas teóricas e práticas, com exposição da matéria seguida de exercícios introdução e aplicação das ferramentas e serviços abordados.
A avaliação será por trabalhos e testes ou exame, com um ensaio mais teórico acerca de uma técnica ou ferramenta específica e um trabalho prático em que o aluno aplica e aprofunda os conhecimentos na abordagem de um problema concreto. Cada aluno poderá escolher o tema de acordo com os seus interesses, dentro dos considerados relevantes e adequados pelo docente.

Método de avaliação

A avaliação é constituída por duas componentes: 

      1. componente laboratorial ou de projecto, constituída por dois trabalhos práticos.

      2. componente teórico-prática, constituída por dois testes.

A nota da componente laboratorial ou de projecto é a média simples das notas dos dois trabalhos práticos, arredondada às décimas.

A nota da componente teórico prática é a média simples das notas dos dois testes, arredondada às décimas.

A nota final é a média simples das duas componentes da avaliação, arredondada ao inteiro mais próximo.

A nota do exame de recurso substitui a nota da componente teórico-prática.

Conteúdo

 

-O que é a bioinformática.

-Sequências: organização de dados, comparação, processamento, bases de dados e pesquisa.

-Filogenética, alinhamento de sequências e evolução.

-Identificação e classificação de motivos conservados em proteínas.

-Estruturas de proteínas: formatos de dados, bases de dados, classificação, modelação por homologia, threading, interacção e docking.

-Scripting para processamento e organização de dados.

 

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: