Epidemiologia Molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana (VIH)

Objectivos

1. Reconhecer os mecanismos geradores de variabilidade genética do VIH e suas consequências fenotípicas, com implicações do ponto de vista prático (ex.: diagnóstico, monitorização de carga viral e terapêutica).

2. Reconhecer como as características genéticas do VIH podem servir de marcadores epidemiológicos, permitindo seguir a evolução da pandemia no espaço e no tempo.

3. Executar, compreender e analisar criticamente resultados decorrentes da utilização de múltiplas abordagens experimentais para a caracterização genética das estirpes virais circulantes.

4. Utilizar algoritmos informáticos para identificação de polimorfismos nos genes da protease (PR) e transcriptase reversa (RT) associados a falência terapêutica e interpretar criticamente os resultados obtidos.

5. Adquirir competências básicas em reconstrução de filogenias e caracterização de sequências virais, incluindo a identificação de vírus recombinantes.

Caracterização geral

Código

10217

Créditos

6.0

Professor responsável

João Mário Brás da Piedade, Ricardo Manuel Soares Parreira

Horas

Semanais - 3

Totais - 42

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

 Não aplicável.

Bibliografia

Cortez KJ, Maldarelli F. 2011. Viruses 3(4):347.

Faria NR, et al. 2014. Science 346(6205):56.

Hemelaar J. 2012. Trends Mol Med. 18(3):182.

Junqueira DM, et al. 2011. PLoS One 6(11):e27489.

Skar H, et al. 2011. Ann N Y Acad Sci. 1230:108.

Tebit DM, Arts EJ. 2011. Lancet Infect Dis. 11(1):45.

Vandamme AM, et al. 2011. AIDS Rev. 13(2):77.

Worobey M, et al. 2016. Nature 539(7627):98.

Método de ensino

Aulas teóricas, teórico-práticas, práticas (laboratoriais e em ambiente informático) e tutoriais.

Método de avaliação

A avaliação inclui três componentes: avaliação contínua (10% da classificação final), avaliação formal/teórica sob a forma de um exame escrito (50% da classificação final) e apresentação de um seminário com a duração entre 20 e 30 minutos (40% da classificação final).

Conteúdo

DATA

HORÁRIO

CONTEÚDOS

DOCENTE(S)

01/04/2020

16h-17h45

Teórica: VIH: variação genética e epidemiologia molecular.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

18h15-20h

Prática: Preparação de DNA proviral de VIH-1 a partir de sangue imobilizado em cartões FTA® e sua amplificação parcial (1.ª parte).

02/04/2020

16h-17h

Prática: Amplificação de DNA proviral de VIH-1 (2.ª parte).

Prof. Doutor João Piedade

17h30-20h

Teórica: Monitorização da infeção por VIH. Testes de suscetibilidade a anti-retrovirais: testes genotípicos e fenotípicos.

06/04/2020

16h-20h

Prática: Ligação de produtos de PCR a um vetor plasmídico. Preparação e transformação de células bacterianas competentes.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

07/04/2020

16h-17h30

Teórico-prática: Análise de sequências nucleotídicas: introdução à análise de cromatogramas e à construção de contigs.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

18h-20h

Prática/teórico-prática: Preparação de culturas bacterianas para extração de DNA plasmídico.

Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: pesquisa automatizada de mutações de resistência aos anti-retrovirais.

Prof. Doutor João Piedade

08/04/2020

16h-20h

Prática: Extração de DNA plasmídico por lise alcalina. Eletroforese em gel de agarose.

Prof. Doutor João Piedade

14/04/2020

16h-17h15

Prática: Hidrólise enzimática de DNA plasmídico e análise dos produtos de digestão por eletroforese em gel de agarose.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

17h45-20h

Teórico-prática: Genotipagem e diversidade genética de VIH-1: ensaio de mobilidade de heteroduplexes (HMA: Heteroduplex Mobility Assay).

Prof. Doutor João Piedade

15/04/2020

16h-20h

Prática: Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: avaliação da diversidade genética e análise filogenética.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

16/04/2020

16h-20h

Prática: Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: análise filogenética e caraterização de sequências mosaico.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

20/04/2020

16h-20h

Orientação tutorial.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

Prof. Doutor João Piedade

21/04/2020

16h-18h30

Avaliação escrita (época normal).

Prof. Doutor João Piedade

22/04/2020

16h-20h

Orientação tutorial.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

Prof. Doutor João Piedade

23/04/2020

16h-20h

Apresentações temáticas.

Prof. Doutor Ricardo Parreira

Prof. Doutor João Piedade

21/07/2020

16h-18h30

Avaliação escrita (época de recurso).

Prof. Doutor Ricardo Parreira

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: