Espectrometria de Massa aplicada a Proteómica

Objectivos

1. Compreender a importância da espectrometria de massa na compreensão dos processos biológicos a nível celular e molecular

2. Compreender o uso da espectrometria de massa na dinâmica proteica (abundância, estrutura e função) em sistemas biológicos complexos.

3. Aplicar a química subjacente aos processos biológicos

4. Aplicar a química subjacente às técnicas utilizadas em proteómica

5. Desenho experimental e preparação de amostras para análise de espectrometria de massa

6. Entender a proteómica.

7. Demonstrar como a proteómica moderna é aplicada a diferentes campos (por exemplo, Medicina, Biologia, Biotecnologia, Ciências ambientais) e avaliar quando a proteómica seria uma mais valia num projeto de investigação.

8. Elaborar seu próprio projeto de investigação com recurso a técnicas de espectrometria de massa e proteómica.

Caracterização geral

Código

12411

Créditos

3.0

Professor responsável

José Luís Capelo Martinez

Horas

Semanais - 3

Totais - A disponibilizar brevemente

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

Conhecimentos avançados em bioquímica geral.

Computador pessoal e aconselhável.

Bibliografia

[1] Modern proteomics – Sample preparation, Analysis and Practical Applications. Hamid Mirzaei, Martin Carrasco. Springer, 2016.

[2] Quantitative Proteomics by Mass Spectrometry. Second edition. Springer protocols. Salvatore Sechi, 2018.

[3] Proteome Bioinformatics. Springer protocols. Shivakumar Keerthikumar and Suresh Mathivanan, 2018

[4] Identifying microbes by mass spectrometry proteomics. Charles H. Wick. CRC Press. 2013.

Método de ensino

O objetivo da unidade curricular é ensinar ao aluno bases e conceitos avançados de espectrometria de massas e sua aplicação a (i) indentificação de microorganismos; (ii) descoverta de biomarcadores em medicina e meioambiente; (iii) proteómica farmacêutica; (iv) proteómica de célula individual, (v) proteómica do meioambiente e (vi) análise de modificações post-traslacionais. O software ensinado prepara aos estudantes para lidar com os dados obtidos e para indentificar padrões que ajudem na interpretação dos dados obtidos por espetrometria de massa.

Método de avaliação

Preveem-se aulas teóricas e práticas de laboratório. As aulas práticas incluem também sessões de pesquisa dirigidas pelo docente e aulas de laboratório. Os trabalhos de laboratório (maioritariamente com recurso a computador) serão desenvolvidos pelos estudantes sob orientação docente.

 

A avaliação inclui testes rápidos de resposta em aula (5% da nota), folhas de problemas (10% da nota), trabalho no laboratório teórico-prático (25% da nota), projeto individual de proteómica apresentado em inglês escrito (30% da nota), exame (30% da nota).

Conteúdo

1. Introdução à proteómica

 

2. Separações supra-moleculares

 

2.1 Separação de proteínas em proteómica

 

2.2 Princípios da eletroforese em gel bidimensional

 

2.3 Princípios da Cromatografia Líquida

 

4. Fundamentos da espectrometria de massa

 

3.1 Espectrometria de massa em proteómica

 

3.2 Técnicas de ionização

 

3.3 Analisadores de massa

 

3.4 MS/MS em tandem no espaço.

 

3.5 MS / MS em tandem no tempo

 

4. Espectrometria de massa quantitativa

 

4.1 Quantificação de proteínas por espectrometria de massa

 

4.2 Quantificação relativa e absoluta

 

4.3 Marcação isotópica estável.

 

4.4 E.M. quantitativa sem marcação isotópica

 

5. Bancos de dados de proteínas e bioinformática

 

6. Projeto Experimental e Controle de Qualidade em Proteómica

 

7. Aplicaçãoes de proteómica e espectrometria de massa.

 

7.1 Identificação de microrganismos

 

7.2 biomedicina

 

7.3 Proteómica farmacêutica

 

7.4 Proteómica de célula única

 

7.5 Proteómica Ambiental

 

7.6 Proteómica pós-translacional

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: