Bioquímica Estrutural
Objetivos
A disponibilizar brevemente
Caracterização geral
Código
7637
Créditos
6.0
Professor responsável
Maria dos Anjos Lopes de Macedo, Maria João Lobo de Reis Madeira Crispim Romão
Horas
Semanais - 4
Totais - A disponibilizar brevemente
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
A disponibilizar brevemente
Bibliografia
- Structural Biology, Practical NMR applications, Quincy Teng, Springer (2005)
- “Introduction to Protein Structure” Branden, C.-I. & Tooze, J. Garland Pub. (1999)
- “Crystallography made Crystal Clear- A Guide for users of Macromolecular Models” G. Rhodes, 2nd Ed., Academic Press: San Diego, London (2000)
Método de ensino
A disponibilizar brevemente
Método de avaliação
A disponibilizar brevemente
Conteúdo
Teóricas
Parte 1
• Conceitos básicos RMN; espectros 1D e 2D (homo- e hetero-nucleares): aplicações a proteínas
• Identificação e atribuição de sinais em espectros 2D e determinação de elementos de estrutura secundária com base em desvio químico
• Atribuição de sinais da cadeia principal de proteínas utilizando experiências de tripla ressonância (espectros 3D) – metodologia
• Determinação de estruturas de proteínas em solução: obtenção de restrições e metodologia de cálculo
• Relaxação e dinâmica em proteínas
• NOE e STD: aplicação ao estudos das interacções proteína – ligando
• Permuta de hidrogénios NH e informação estrutural
Parte II
Cristalografia de raios-X
- Introdução à cristalografia de proteinas; revisões
- Cristalização de proteínas; Rede cristalina, Simetria e Grupos espaciais
- Fontes de raios-X e Detectores; Difracção; Espaço recíproco
- Difracção e transformadas de Fourier; O Problema da Fase e como o resolver.
- Construção do modelo e Refinamento; Métodos de validação
- Microscopia Electrónica molecular
- Outras técnicas complementares : SAXS; ITC, DLS
Práticas, TPC & Seminários
RMN-Estrutura em solução
- P1: Processamento de espectros 2D heteronuclear (TOPSPIN).
- P2: Identificação e atribuição de ressonâncias de espectros 3D – aplicações do programa CARA.
- P3: Identificação e atribuição de ressonâncias de espectros 3D (continuação). Apresentação do portal BMRB – Biological Magnetic Resonance Data Bank. Determinação de estruturas em solução utilizando o programa CYANA - preparação de dados de input, leitura de dados de output (violações & processo iterativo) e validação de resultados (ferramentas on-line).
- P4: identificação de interacções de uma proteína com moléculas de ligando em titulações seguidas por HSQC e dados obtidos por STD (ex: CBM11)
- S: Apresentação oral e discussão do “case study”
Cristalografia de Raios-X
- P1: Revisões (bases de dados; PDB)
- P2: Preparação e optimização de cristais de proteínas
- P3: O Difractómetro de Raios-X e a esperiência de difracção; Tratamento e análise dos dados.
- P4: Resolução de uma estrutura pelo método MR
- P5: Análise da densidade electronica e construção do modelo; Qualidade do modelo e critérios de validação.
- S: Seminários - Apresentação oral e discussão do “case study”