Bioquímica Estrutural A

Objectivos

A disponibilizar brevemente

Caracterização geral

Código

11193

Créditos

6.0

Professor responsável

Maria dos Anjos Lopes de Macedo, Maria João Lobo de Reis Madeira Crispim Romão

Horas

Semanais - 4

Totais - A disponibilizar brevemente

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

A disponibilizar brevemente

Bibliografia

 
  • Structural Biology, Practical NMR applications, Quincy Teng, Springer (2005)
  • “Introduction to Protein Structure”   Branden, C.-I. & Tooze, J. Garland Pub. (1999)
  • “Crystallography made Crystal Clear- A Guide for users of Macromolecular Models” G. Rhodes, 2nd Ed., Academic Press: San Diego, London (2000)

Método de ensino

A disponibilizar brevemente

Método de avaliação

A disponibilizar brevemente

Conteúdo

Teóricas

Parte 1

• Conceitos básicos RMN; espectros 1D e 2D (homo- e hetero-nucleares): aplicações a proteínas 

• Identificação e atribuição de sinais em espectros 2D e determinação de elementos de estrutura secundária com base em desvio químico 

• Atribuição de sinais da cadeia principal de proteínas utilizando experiências de tripla ressonância (espectros 3D) – metodologia 

• Determinação de estruturas de proteínas em solução: obtenção de restrições e metodologia de cálculo 

• Relaxação e dinâmica em proteínas 

• NOE e STD: aplicação ao estudos das interacções proteína – ligando 

• Permuta de hidrogénios NH e informação estrutural

Parte II

Cristalografia de raios-X

- Introdução à cristalografia de proteinas; revisões 

- Cristalização de proteínas; Rede cristalina, Simetria e Grupos espaciais

- Fontes de raios-X e Detectores; Difracção; Espaço recíproco

- Difracção e transformadas de Fourier; O Problema da Fase e como o resolver.

- Construção do modelo e Refinamento; Métodos de validação

- Microscopia Electrónica molecular

- Outras técnicas complementares : SAXS; ITC, DLS


Práticas, TPC & Seminários

RMN-Estrutura em solução

- P1: Processamento de espectros 2D heteronuclear (TOPSPIN).

- P2: Identificação e atribuição de ressonâncias de espectros 3D – aplicações do programa CARA. 

- P3: Identificação e atribuição de ressonâncias de espectros 3D (continuação). Apresentação do portal BMRB – Biological Magnetic Resonance Data Bank. Determinação de estruturas em solução utilizando o programa CYANA - preparação de dados de input, leitura de dados de output (violações & processo iterativo) e validação de resultados (ferramentas on-line). 

- P4: identificação de interacções de uma proteína com moléculas de ligando em titulações seguidas por HSQC e dados obtidos por STD (ex: CBM11)

- S: Apresentação oral e discussão do “case study” 

Cristalografia de Raios-X

-       P1: Revisões (bases de dados; PDB)

-       P2: Preparação e optimização de cristais de proteínas

-       P3: O Difractómetro de Raios-X e a esperiência de difracção; Tratamento e análise dos dados.

-       P4: Resolução de uma estrutura pelo método  MR 

-       P5: Análise da densidade electronica e construção do modelo;  Qualidade do modelo e critérios de validação.  

-       S: Seminários - Apresentação oral e discussão do “case study” 

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: