Introdução à Bioinformática

Objectivos

Esta unidade curricular tem como objetivo geral apresentar aos discentes um panorama das ferramentas bioinformáticas - de referência - disponíveis atualmente e do seu uso racional. De entre estas só são presentadas aquelas cujo acesso é livre.

Pretende-se que os alunos adquiram competência na utilização destas ferramentas quer do ponto de vista do interface de utilização quer da adequação específica e limitações a elas associadas. As atividades abrangidas pelas ferramentas apresentadas são: a análise interna e comparativa de sequências biológicas, pesquisa, visualização de macromoléculas, análise de interação entre aquelas, automatização de tarefas e consulta de informação armazenada nas bases de dados públicas (primárias, secundárias, anotação genómica, etc).

Caracterização geral

Código

12028

Créditos

6.0

Professor responsável

João Manuel Gonçalves Couceiro Feio de Almeida

Horas

Semanais - 4

Totais - 63

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

Os alunos têm que estar inscritos no 3o ano curricular. Os alunos também deverão apresentar conhecimento das técnicas básicas de biologia molecular, bem assim como conhecimentos gerais de bioquímica e biologia. Espera-se dos alunos alguma experiência na utilização de computadores tipo PC em ambiente Windows (Microsoft). Domínio intermédio da língua inglesa é imprescindível, sobretudo para efeitos de leitura dos materiais de apoio.

Bibliografia

Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. 2nd ed. Wiley-Blackwell, 2009.

Burkowski, F. J. Structural bioinformatics: an algorithmic approach CRC Press, 2008

Lesk A. Introduction to Bioinformatics (2nd Ed.).OxfordUniversity Press, 2005, Oxford. (ISBN 0 19 927787 7)

Orengo C., Jones D., Thornton J. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers. Advanced Text. BIOS Scientific Publishers Limited, 2003, Oxford. (ISBN 1 85996 054 5)

Almeida et al  2015. Comparative Genomics Suggests Primary Homothallism of Pneumocystis Species. MBio, 6(1), e02250-14. https://doi.org/10.1128/mBio.02250-14 (materiais e métodos)

Documentação dos recursos empregues disponível através da WWW.

Método de ensino

A disciplina é lecionada em aulas teóricas e sessões práticas. A progressão individual dos alunos pode ser controlada pelos próprios através de inúmeros autotestes.

A nota final é fruto da performance individual avaliada diretamente e através de avaliação escrita. Esta é informada pelo esforço e empenho demonstrado pelo aluno durante as aulas. Durantes estas mesmas aulas os alunos são convidados a cooperar entre si no esclarecimento de dúvidas e na solução dos problemas práticos que vão encontrando

Método de avaliação

Items de Avaliação

    * Teste (individual) - 3 provas – (30% da nota final/cada)

    * Componente de empenho e participação   (10% da nota final)

    * Exame (100 % da nota final)

 

Frequência

Obtida pela frequência do mínimo de aulas requerido pelos regulamentos em vigor na Faculdade de Ciências e Tecnologia.

Conteúdo

1. O que é uma sequência biológica e como difere do polímero que pretende representar. Notações e formatos de representação.

2. Como organizar grandes conjuntos de sequências: armazenamento, pesquisa e recuperação. Importância dos sistemas de bases de dados e da WWW.

3. Como extrair informação implícita de sequências usando algoritmos? Ferramentas e aplicações como implementação de algoritmos.

4. Como determinar grau de homologia entre sequências: a importância do alinhamento. Algoritmos de comparação rápida de sequências: encontrando a agulha no palheiro.

5. Como medir a semelhança no que não é igual? Inferência de estrutura/função partindo de simples sequências de aminoácidos.

6. Como visualizar e comparar estruturas de macromoléculas e como se prevê as suas interações.

7. Como automatizar tarefas simples de processamento de dados.

8. O que pode ser encontrado nas grandes bases de dados públicas (PubMed, INSDC,UniProtKB)? Como realizar pesquisas baseadas em critérios específicos?

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada: