Bioinformática
Objetivos
Conhecimentos
- Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evolução e epidemiologia molecular.
- Armazenamento de informação: bases de dados.
- Alinhamentos de sequências.
- Exploração e utilização de sistemas públicos de procura de sequências similares: BLAST.
- Árvores filogenéticas.
Aptidões
- Conhecer os conceitos de evolução fundamentais para serem utilizados em Saúde Pública.
- Conhecer os sistemas públicos de procura de dados mais importantes.
- Saber fazer alinhamento de sequências genómicas e árvores filogenéticas.
- Saber analisar a informação obtida no contexto da Saúde Pública.
Competências
- Saber que recursos utilizar – bibliográficos, metodológicos ou tecnológicos - para resolver um problema científico utilizando recursos bioinformáticos.
Caracterização geral
Código
12399
Créditos
4.0
Professor responsável
Ana Barroso Abecasis, Isabel Cristina Maciel Natário
Horas
Semanais - A disponibilizar brevemente
Totais - A disponibilizar brevemente
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
NA
Bibliografia
A disponibilizar brevemente
Método de ensino
A disponibilizar brevemente
Método de avaliação
A disponibilizar brevemente
Conteúdo
1. Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evolução e epidemiologia molecular.
1.1 O código genético
1.2 Mutações: transições e transversoes
1.3 Evolução e fixação de mutações
1.4 Pressão selectiva
1.5 Modelos de evolução estocásticos ou determinísticos
1.6 Taxa de evolução
1.7 Relógio molecular
2. Armazenamento de informação: bases de dados.
2.1 Bases de dados primárias e secundarias
2.2 Procura de literatura e organização da informação
2.3 Bases de dados de sequências nucleotidicas
2.4 Bases de dados de sequências de aminoácidos
3. Alinhamentos de sequências
3.1 Homologia vs Similaridade
3.2 Definição de alinhamentos
3.3 Tipos de alinhamentos
3.3.1 Alinhamentos por pares: BLAST
3.3.2 Alinhamentos múltiplos
3.3.3 Alinhamentos globais vs locais
3.4 Alinhamentos de nucleótidos vs Alinhamentos de aminoácidos
3.5 Exercícios práticos
4. Árvores filogenéticas
4.1 Definição de árvores filogenéticas
4.2 Árvores com e sem raiz
4.3 Monofilia vs Parafilia
4.4 Métodos para estimar árvores filogenéticas
4.5 Avaliação da robustez topológica
4.6 Exercícios práticos