Epidemiologia Molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana (VIH)
Objetivos
1. Reconhecer os mecanismos geradores de variabilidade genética do VIH e suas consequências fenotípicas, com implicações do ponto de vista prático (ex.: diagnóstico, monitorização de carga viral e terapêutica).
2. Reconhecer como as características genéticas do VIH podem servir de marcadores epidemiológicos, permitindo seguir a evolução da pandemia no espaço e no tempo.
3. Executar, compreender e analisar criticamente resultados decorrentes da utilização de múltiplas abordagens experimentais para a caracterização genética das estirpes virais circulantes.
4. Utilizar algoritmos informáticos para identificação de polimorfismos nos genes da protease (PR) e transcriptase reversa (RT) associados a falência terapêutica e interpretar criticamente os resultados obtidos.
5. Adquirir competências básicas em reconstrução de filogenias e caracterização de sequências virais, incluindo a identificação de vírus recombinantes.
Caracterização geral
Código
10217
Créditos
6.0
Professor responsável
João Mário Brás da Piedade, Ricardo Manuel Soares Parreira
Horas
Semanais - 3
Totais - 42
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
Não aplicável.
Bibliografia
Cortez KJ, Maldarelli F. 2011. Viruses 3(4):347.
Faria NR, et al. 2014. Science 346(6205):56.
Hemelaar J. 2012. Trends Mol Med. 18(3):182.
Junqueira DM, et al. 2011. PLoS One 6(11):e27489.
Skar H, et al. 2011. Ann N Y Acad Sci. 1230:108.
Tebit DM, Arts EJ. 2011. Lancet Infect Dis. 11(1):45.
Vandamme AM, et al. 2011. AIDS Rev. 13(2):77.
Worobey M, et al. 2016. Nature 539(7627):98.
Método de ensino
Aulas teóricas, teórico-práticas, práticas (laboratoriais e em ambiente informático) e tutoriais.
Método de avaliação
A avaliação inclui três componentes: avaliação contínua (10% da classificação final), avaliação formal/teórica sob a forma de um exame escrito (50% da classificação final) e apresentação de um seminário com a duração entre 20 e 30 minutos (40% da classificação final).
Conteúdo
DATA |
HORÁRIO |
CONTEÚDOS |
DOCENTE(S) |
01/04/2020 |
16h-17h45 |
Teórica: VIH: variação genética e epidemiologia molecular. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
18h15-20h |
Prática: Preparação de DNA proviral de VIH-1 a partir de sangue imobilizado em cartões FTA® e sua amplificação parcial (1.ª parte). |
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02/04/2020 |
16h-17h |
Prática: Amplificação de DNA proviral de VIH-1 (2.ª parte). |
Prof. Doutor João Piedade |
17h30-20h |
Teórica: Monitorização da infeção por VIH. Testes de suscetibilidade a anti-retrovirais: testes genotípicos e fenotípicos. |
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06/04/2020 |
16h-20h |
Prática: Ligação de produtos de PCR a um vetor plasmídico. Preparação e transformação de células bacterianas competentes. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
07/04/2020 |
16h-17h30 |
Teórico-prática: Análise de sequências nucleotídicas: introdução à análise de cromatogramas e à construção de contigs. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
18h-20h |
Prática/teórico-prática: Preparação de culturas bacterianas para extração de DNA plasmídico. Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: pesquisa automatizada de mutações de resistência aos anti-retrovirais. |
Prof. Doutor João Piedade |
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08/04/2020 |
16h-20h |
Prática: Extração de DNA plasmídico por lise alcalina. Eletroforese em gel de agarose. |
Prof. Doutor João Piedade |
14/04/2020 |
16h-17h15 |
Prática: Hidrólise enzimática de DNA plasmídico e análise dos produtos de digestão por eletroforese em gel de agarose. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
17h45-20h |
Teórico-prática: Genotipagem e diversidade genética de VIH-1: ensaio de mobilidade de heteroduplexes (HMA: Heteroduplex Mobility Assay). |
Prof. Doutor João Piedade |
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15/04/2020 |
16h-20h |
Prática: Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: avaliação da diversidade genética e análise filogenética. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
16/04/2020 |
16h-20h |
Prática: Análise de sequências nucleotídicas de VIH-1: análise filogenética e caraterização de sequências mosaico. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |
20/04/2020 |
16h-20h |
Orientação tutorial. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira Prof. Doutor João Piedade |
21/04/2020 |
16h-18h30 |
Avaliação escrita (época normal). |
Prof. Doutor João Piedade |
22/04/2020 |
16h-20h |
Orientação tutorial. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira Prof. Doutor João Piedade |
23/04/2020 |
16h-20h |
Apresentações temáticas. |
Prof. Doutor Ricardo Parreira Prof. Doutor João Piedade |
21/07/2020 |
16h-18h30 |
Avaliação escrita (época de recurso). |
Prof. Doutor Ricardo Parreira |