Bioinformática em Biomedicina
Objetivos
1. Compreender os conceitos essenciais do desenho experimental, tratamento de dados e interpretação de resultados.
2. Adquirir conhecimentos teóricos e práticos na utilização de ferramentas bioinformáticas baseadas em R.
3. Conhecer as potencialidades da bioinformática na área da biomedicina.
Caracterização geral
Código
10776
Créditos
6.0
Professor responsável
João Manuel Gonçalves Couceiro Feio de Almeida, Pedro Manuel Broa Costa
Horas
Semanais - 4
Totais - 91
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
Conhecimentos básicos de Genética Molecular e de Estatística.
Bibliografia
Gentleman, R. (2008). R Programming for Bioinformatics. Chapman & Hall/CRC press, 328 pp.
Zar, J.H. (2007). Biostatistical Analysis (5th Ed.). Prentice-Hall, 960 pp.
Método de ensino
As aulas teóricas clássicas de tipo expositivo são em número reduzido. O estudo em autonomia é fortemente encorajado e determinante para a aprovação. Privilegiam-se as sessões de discussão após o estudo em autonomia sendo a participação activa dos alunos monitorizada e avaliada. Nas sessões práticas são discutidos e resolvidos exercícios de aplicação dos conceitos abordados anteriormente em sessões “hands-on” com computador.
Método de avaliação
A frequência às aulas é fortemente encorajada e obrigatória no caso das aulas práticas. A obtenção de frequência à Unidade Curricular é condição necessária para obter aprovação, ou seja, o número de faltas às aulas práticas não pode exceder 1/3 do número total de aulas teórico-práticas. A avaliação consiste na realização de um teste e dois trabalhos de grupo, contribuindo respectivamente para 40% (teste) e 30%+30% (cada trabalho) da nota final. É obrigatória a execução destes 3 elementos, em que cada qual deverá ter uma nota mínima de 9, para se obter obter aprovação por avaliação contínua.
O teste é realizado individualmente, sem consulta e tem a duração de 1 hora.
Os trabalhos de grupo consistem em projetos de análise de dados, interpretação e integração dos resultados de forma a responder a uma pergunta biológica e subsequente preparação de um artigo cientifico.
O exame de recurso inclui componente teórica e componente prática, pelo que a nota do trabalho prático é contabilizada apenas para a avaliação contínua.
Conteúdo
Tópicos
1. Desenho Experimental
2. Análise Descritiva e Exploratória de dados
3. Inferência Estatística 1: comparação de médias e medianas
4. Inferência Estatística 2: Análise de variância
5. Inferência Estatística 3: Análise de dados
6. Análise de dados de larga-escala
7. Associação entre variáveis
8. Análise Exploratória Multivariada
9. Identificação de alterações do transcritoma
10. Anotação e Análise Funcional
11. Análise de sobrevivência