Biologia Computacional e Bioinformática

Objetivos

São objetivos desta UC, fornecer aos alunos conhecimentos, capacidades e competências para utilizar ferramentas bioinformáticas e aplicações computacionais:
1. No estudo de sequências de DNA, de genes de interesse e de genomas.
2. Na análise das propriedades, estrutura e função de proteínas-
3. Na inferência das relações filogenéticas e evolutivas entre moléculas ou organismos.
4. No estudo da variação e estrutura genética de populações humanas e de agentes infeciosos.

Caracterização geral

Código

5573038

Créditos

Professor responsável

João Pinto

Horas

Semanais - 8,5

Totais - 38

Idioma de ensino

Português. Bibliografia em inglês.

Pré-requisitos

Não se aplica

Bibliografia

• Claverie J-M, Notredame C. 2007. Bioinformatics for dummies, 2nd Ed. Wiley Publishing. 436p.
• Lemey P, Salemi M, Vandamme A-M. 2009. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Ed. Cambridge University Press. 750p.
• Hartl DL, Clark AG. 2007. Principles of Population Genetics, 4th Ed. Sinauer Associates. 545p.

Método de ensino

Esta UC utilizará os seguintes elementos e métodos de ensino:
1. Aulas teóricas (método expositivo).
2. Aulas teórico-práticas (método expositivo/demonstrativo).
3. Aulas práticas (método demonstrativo/ativo).

Método de avaliação

A avaliação dos alunos será efetuada através da realização de um exame prático com um exercício para o qual os alunos deverão aplicar ferramentas bioinformáticas para a sua resolução. Os alunos serão classificados com uma nota de 0-20 valores.
A avaliação do curso será efetuada por intermédio do inquérito padrão do IHMT para avaliação da satisfação dos alunos.

Conteúdo

Esta UC estará organizada em 4 blocos temáticos:
I. Análise de sequências e genomas:
a. Conceitos de genoma e análise genómica.
b. Bases de dados de genomas.
c. Sequenciação e alinhamento de sequências.
d. Mapeamento genético.
e. Deteção in silico de mutações e métodos de genotipagem.
II. Análise de proteínas:
a. Conceitos de tradução e de estrutura proteica.
b. Bases de dados de proteínas.
c. Previsão de estrutura proteica.
d. Análise de função proteica.
e. Proteómica, transcriptómica e metabolómica: conceitos e aplicações.
III. Análise filogenética:
a. Conceitos de evolução molecular.
b. Métodos de reconstrução filogenética.
c. Testes de modelos de evolução.
d. Testes de pressão selectiva.
e. Análise de relógios moleculares.
f. Filogeografia
IV. Soluções informáticas para genética populacional
a. Conceitos de genética populacional
b. Marcadores moleculares para estudos populacionais
c. Bases de dados genotípicos
d. Aplicações informáticas para análises de genética populacional

Cursos

Cursos onde a unidade curricular é leccionada:

Doutoramento em Ciências Biomédicas