Bioinformática
Objetivos
Conhecimentos
- Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evolução e epidemiologia molecular.
- Armazenamento de informação: bases de dados.
- Alinhamentos de sequências.
- Exploração e utilização de sistemas públicos de procura de sequências similares: BLAST.
- Árvores filogenéticas.
Aptidões
- Conhecer os conceitos de evolução fundamentais para serem utilizados em Saúde Pública.
- Conhecer os sistemas públicos de procura de dados mais importantes.
- Saber fazer alinhamento de sequências genómicas e árvores filogenéticas.
- Saber analisar a informação obtida no contexto da Saúde Pública.
Competências
- Saber que recursos utilizar – bibliográficos, metodológicos ou tecnológicos - para resolver um problema científico utilizando recursos bioinformáticos.
Caracterização geral
Código
12399
Créditos
4.0
Professor responsável
Ana Barroso Abecasis, Isabel Cristina Maciel Natário
Horas
Semanais - A disponibilizar brevemente
Totais - 41
Idioma de ensino
Português
Pré-requisitos
NA
Bibliografia
Arthur M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. 3rd Ed. 2008. Oxford University Press.
Philippe Lemey, Marco Salemi and Anne-Mieke Vandamme. The Phylogenetic Handbook – A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. 2009. Cambridge University Press.
Método de ensino
A unidade curricular será constituída por aulas teóricas, aulas práticas, , discussão de artigos e apoio ao desenvolvimento do projecto final. Os alunos serão frequentemente incentivados a realizar pesquisa bibliográfica, sobretudo para as aulas de discussão de artigos e para o projecto final.
Método de avaliação
A avaliação final terá uma componente tutorial, baseado na performance dos alunos nas aulas práticas (25%) e num exame teórico-prático (25%) e uma componente do projecto final (50%).
O projecto final consistirá num estudo científico. Neste, os alunos deverão desenvolver uma metodologia científica para responder a um problema científico em que seja necessário utilizar métodos de bioinformática para a sua resolução. Este problema deverá ser idealmente terá sido escolhido pelos próprios alunos. O docente guiará os alunos em aulas de apoio ao longo de todo o desenvolvimento do projecto.
Conteúdo
1. Conhecimentos teóricos sobre os conceitos básicos de evolução e epidemiologia molecular.
1.1 O código genético
1.2 Mutações: transições e transversoes
1.3 Evolução e fixação de mutações
1.4 Pressão selectiva
1.5 Modelos de evolução estocásticos ou determinísticos
1.6 Taxa de evolução
1.7 Relógio molecular
2. Armazenamento de informação: bases de dados.
2.1 Bases de dados primárias e secundarias
2.2 Procura de literatura e organização da informação
2.3 Bases de dados de sequências nucleotidicas
2.4 Bases de dados de sequências de aminoácidos
3. Alinhamentos de sequências
3.1 Homologia vs Similaridade
3.2 Definição de alinhamentos
3.3 Tipos de alinhamentos
3.3.1 Alinhamentos por pares: BLAST
3.3.2 Alinhamentos múltiplos
3.3.3 Alinhamentos globais vs locais
3.4 Alinhamentos de nucleótidos vs Alinhamentos de aminoácidos
3.5 Exercícios práticos
4. Árvores filogenéticas
4.1 Definição de árvores filogenéticas
4.2 Árvores com e sem raiz
4.3 Monofilia vs Parafilia
4.4 Métodos para estimar árvores filogenéticas
4.5 Avaliação da robustez topológica
4.6 Exercícios práticos