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Genómica Evolutiva Avançada

Objetivos

Esta unidade curricular proporcionará aos alunos conhecimentos avançados em Genómica Evolutiva, e assenta sobre os conceitos e metodologias adquiridos durante o primeiro semestre, desenvolvendo-os e aplicando-os a novos desafios.

Os alunos serão expostos aos mecanismos de evolução molecular e a como esses processos afectam a evolução dos genes e genomas.

Os alunos também serão expostos a desenvolvimentos metodológicos recentes bem como a aplicações da Genómica Evolutiva ao estudo da diversidade natural e na investigação biomédica.

É pretendido que os alunos adquirem um pensamento crítico em genómica evolutiva, que saibam reconhecer consequências do processo evolutivo no estudo de genomas e conheçam as metodologias de análise mais relevantes.

Caracterização geral

Código

12498

Créditos

3.0

Professor responsável

José Paulo Nunes de Sousa Sampaio, Patrícia Filipa Homem de Campos Tavares de Brito

Horas

Semanais - 2

Totais - A disponibilizar brevemente

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

N/A

Bibliografia

Bibliografia principal.

Anisimova, M., Ed. 2012. Genômica evolutiva. Métodos estatísticos e computacionais, Volume 1 e 2. Springer.
Lemey, P., Salemi, M., Vandamme, A-M., Eds. O manual de filogenia. Uma abordagem prática para análise filogenética e teste de hipóteses. Cambridge University Press, 2ª edição. 750pp.

Além dos livros listados, os alunos serão incentivados a ler artigos científicos que serão dados durante as aulas.

Método de ensino

O ensino está organizado em aulas teóricas de 90 min e sessões de 3 horas de atividades de aprendizagem activa. Durante as aulas teóricas, os alunos são apresentados aos principais conceitos, metodologias e objectivos de estudo na área da Genómica Evolutiva. As sessões aprendizagem activa são aulas essencialmente práticas com resolução de exercícios, tutoriais e discussão de artigos científicos. O objetivo destas aulas é proporcionar aos alunos uma oportunidade de experimentar o processo de análise de dados, adquirir um pensamento crítico em genómica evolutiva, e ganhar familiaridade com alguns softwares de análise de genomas e proteínas. A avaliação dos alunos é baseada na avaliação contínua ao longo do semestre (30%), que inclui a preparação para as aulas, assiduidade e participação nas aulas. Os 70% restantes correspondem a um exame final que inclui os conhecimentos adquiridos nas aulas teóricas e durante as sessões de aprendizagem activa.

Método de avaliação

A avaliação dos alunos é baseada na avaliação contínua ao longo do semestre (30%), que inclui a preparação para as aulas, assiduidade e participação nas aulas. Os 70% restantes correspondem a um exame final que inclui os conhecimentos adquiridos nas aulas teóricas e durante as sessões de aprendizagem activa.

Conteúdo

1. Mecanismos da evolução molecular
2. Evolução da estrutura do genoma em Eucariontes e Procariontes
3. Inferência filogenética a partir de dados genómicos
4. Genómica populacional aplicada à filogeografia e ao estudo da especiação
5. Evolução das doenças infecciosas em diferentes escalas – estrutura populacional em larga escala, aplicação a estudos de transmissão e evolução intra-hospedeiro.
    5.1. Análise comparativa de genomas microbianos e pangenomes
    5.2. Evolução viral e epidemiologia molecular
6. Metagenómica na análise do microbiota humano, em saúde e na doença
7. Evolução no cancro: evolução clonal e inferência da diversidade intratumoral