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  5. Simulação Biomolecular

Simulação Biomolecular

Objetivos

Os conhecimentos e competências adquiridos nesta unidade curricular permitirão aos estudantes uma compreensão geral da literatura científica da área, utilizar ferramentas de software para abordar problemas científicos que envolvam bioinformática estrutural. Se (individualmente) aprofundarem os seus conhecimentos em áreas seleccionadas, poderão iniciar projectos de investigação supervisionados nessas áreas de trabalho para estudar problemas em biociências.

Caracterização geral

Código

12503

Créditos

6.0

Professor responsável

João Montargil Aires de Sousa

Horas

Semanais - 1

Totais - 59

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

A disponibilizar brevemente

Bibliografia

    1. Liljas,A., Liljas, L., Ash, M.-R.,Lindblom, G., Nissen, P., Kjeldgaard, M. Textbook of Structural Biology, 2nd ed., World Scientific, 2017
    2. Leach, A. R., Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd ed., Prentice Hall, 2001
    3. Hinchliffe, A., Molecular modelling for beginners, 2nd ed., Wiley, 2008
    4. Frenkel, D., Smit, B., Understanding molecular simulation. From algorithms to applications, 2nd ed., Academic Press, 2001
    5. Allen, M.P, Tildesley, D.J.,Computer simulation of liquids, 2nd ed., Oxford University Press, 2017
    6. Chemoinformatics: Basic Concepts and Methods, eds. Thomas Engel and Johann Gasteiger, Wiley-VCH, 2018.
    7. Leach, A. R.; Gillet, V. J. An Introduction to Chemoinformatics, 2ª ed.; Springer: Dordrecht, 2007.
    8. Applied Chemoinformatics: Achievements and Future Opportunities, eds. Thomas Engel and Johann Gasteiger, Wiley-VCH, 2018.
    9. Key papers from diverse fields.

Método de ensino

As aulas consistirão numa mistura de palestras clássicas e aulas práticas usando computadores e software de última geração nas diferentes áreas. As aulas práticas serão implementadas com os alunos organizados em pequenos grupos (2 ou 3 alunos), desenvolvendo protocolos destinados a dar experiência prática nas metodologias usando situações reais. Haverá tutor/es ajudando os alunos a desenvolver esses protocolos.

Método de avaliação

A avaliação consiste na avaliação das aulas práticas (50% e exame final (50%). A nota mínima em cada componente para aprovação na Unidade Curricular é 9,5. A avaliação das aulas práticas será feita através da análise das respostas escritas pelos alunos nos protocolos e/ou apresentações de artigos/ tópicos.

Conteúdo

Os tópicos desta unidade curricular são muito variados, reflectindo as diversas metodologias presentes no campo. Os tópicos abaixo visam cobrir a maior parte do campo a diferentes profundidades.

  1. Introdução à biologia estrutural, técnicas experimentais para determinação estrutural e bases de dados de dados estruturais.

  2. Representação e visualização de estruturas moleculares.

  3. Mecânica estatística em modelação biomolecular.

  4. Mecânica/dinâmica molecular.

  5. Simulação da interacção molecular.

  6. Previsão de estrutura de proteínas.

  7. Relações Quantitativas de Estrutura-Actividade (QSAR).

  8. Introdução à descoberta de drogas usando metodologias de bioinformática estrutural.