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Genómica e Evolução Molecular

Objetivos

Compreender os mecanismos básicos da evolução molecular. Conhecer os aspectos essenciais relacionados com o arquivo e obtenção, em bases de dados públicas, de sequências nucleotídicas. Conhecer os fundamentos das novas tecnologias de sequenciação de genomas e as etapas básicas de montagem e análise de dados de genomas completos sob diferentes perspectivas - genómica populacional, genómica comparativa e genómica funcional.

Caracterização geral

Código

10717

Créditos

3.0

Professor responsável

Ana Rita Fialho Grosso, José Paulo Nunes de Sousa Sampaio

Horas

Semanais - 2

Totais - 28

Idioma de ensino

Português

Pré-requisitos

Conhecimentos básicos de Genética Molecular e de Evolução.

Bibliografia

Vandamme, AM. 2009. Basic concepts of molecular evolution. In “The Phylogenetic Handbook”, Cambridge Univ Press

Descent with modification (Reading the story of DNA, L Bromham, 2008)

Método de ensino

As aulas teóricas clássicas de tipo expositivo são em número reduzido O estudo em autonomia é fortemente encorajado e determinante para a aprovação. A bibliografia (capítulos de livros ou artigos) é indicada antecipadamente e tem de ser consultada, estudada e assimilada antes das sessões presenciais com o docente. Privilegiam-se as sessões de discussão após o estudo em autonomia sendo a participação activa dos alunos monitorizada e avaliada. Nas sessões teórico-práticas são discutidos e resolvidos exercícios de aplicação dos conceitos abordados anteriormente. Dependendo do numero de alunos e da disponibilidade de meios serão realizadas sessões “hands-on” com computador.

Método de avaliação

As componentes teóricas necessárias para atingir os objetivos de aprendizagem são ministradas nas aulas teóricas, com o apoio adicional nas aulas teórico-práticas e horários de atendimento, caso seja necessário. A aquisição destes conhecimentos é avaliada nas provas escritas. As componentes práticas necessárias para atingir os objetivos de aprendizagem são desenvolvidas em todas as formas de horas de contacto: nas aulas teóricas através da análise e discussão de problemas-tipo; nas aulas teórico-práticas através da resolução de problemas com apoio do docente e da análise de alguns dos problemas fundamentais. A avaliação destas competências é assegurada na parte teórico-prática dos minitestes A frequência às aulas teórico-práticas pretende assegurar que os  alunos acompanham a matéria e realizam o trabalho computacional a ela associado.

Conteúdo

Tópico 1

  • Evolução biológica e evolução molecular.
  • Aspectos básicos da pesquisa e tratamento de sequências.

Tópico 2

  • Evolução de genomas: detecção de transferência horizontal.
  • Construção de filogenias moleculares

Tópico 3

  • Genómica Molecular e Funcional: genes, expressão génica e função.
  • Caracterização de genes: coordenadas genómicas, transcritos, proteínas, genómica comparativa, função, variação genética.

 Tópico 4

  • Genómica Molecular e Funcional: tecnologias de sequenciação em larga escala.
  • Pesquisa e interpretação de dados de transcriptoma.

 Tópico 5

  • Genómica na Biomedicina
  • Genómica do cancro: mutações, alterações cromossómicas, transcritos, proteínas, impacto clinico.

Tópico 6

  • Genómica: dados, informação, conhecimento.
  • Conceitos básicos na integração de dados, extração de informação e apresentação de resultados.