Bioinformática
Objetivos
No final desta unidade curricular os alunos devem ser capazes de:
1. Demonstração de capacidade para reconhecer as potencialidades da bioinformática no domínio biomédico.
2. Aplicação dos conhecimentos teóricos adquiridos à resolução de problemas complexos, incluindo: construção de contigs de sequência nucleotídica e identificação de sequências codificantes, utilização de bases de dados de acesso público e pesquisa de sequências homólogas usando diversos algoritmos ou análise funcional de uma sequência proteica.
3. Aquisição de competências básicas no domínio da filogenia molecular e inferência filogenética, e aplicação das mesmas à construção e interpretação de árvores filogenéticas e à análise exploratória de sequências desconhecidas.
4. Demonstração da capacidade para uma apresentação crítica dos dados decorrentes de dois projetos de investigação propostos (avaliação).
Caracterização geral
Código
9512060
Créditos
A disponibilizar brevemente
Professor responsável
A disponibilizar brevemente
Horas
Semanais - A disponibilizar brevemente
Totais - 78
Idioma de ensino
PT
Pré-requisitos
Não se aplica.
Bibliografia
Não se aplica.
Método de ensino
A maioria das aulas tenha um cariz teórico-prático, e os conceitos teóricos serão lecionados recorrendo ao auxílio de metodologias expositivas (usando PowerPoint). A totalidade das sessões letivas incluirá a utilização, na prática, de computadores.
Método de avaliação
A avaliação de conhecimentos será essencialmente baseada na apresentação (em grupo, na 1ª época de avaliação) de um relatório sob o formato de um artigo científico, sendo expectável que os alunos sejam capazes de comunicar as suas conclusões de forma clara, crítica e cientificamente correcta. A maioria das aulas tutoriais permitirá orientar os alunos na preparação da sua avaliação. Esta (escrita) incluirá dois componentes: análise de uma sequência nucleotídica e a reconstrução de filogenias baseadas na análise de alinhamentos de sequências nucleotídicas previamente fornecidas. A participação/interesse demonstrados nas aulas serão igualmente avaliados e poderão fazer oscilar a classificação dos estudantes até um máximo de 2 valores, relativamente à classificação obtida, em 1ª época (pelo grupo). As avaliações em 2ª época, ao contrário do que acontece na 1ª, serão feitas individualmente.
Conteúdo
Análise de cromatogramas relativos a sequenciação levada a cabo pelo método de Sanger. Edição de sequências "raw" e construção de contigs . Formatos e anotação de sequências nucleotídicas. Conceito de homologia, homologia posicional, e similaridade. Tipos de substituições nucleotídicas. Alinhamentos de sequências nucleotídicas ou de aminoácidos e suas aplicações: global vs local, de pares vs alinhamento múltiplo. Construção de alinhamentos múltiplos de sequências: algoritmos progressivos (Clustal) e iterativos (MAFFT, Muscle). Árvores filogenéticas, modelos evolutivos e distâncias genéticas corrigidas. Reconstrução de filogenias: junção de vizinhos vs máxima verosimilhança. Robustez da topologia de uma árvore. Análise de mosaicos. Composição (G+C), estrutura de moléculas de RNA e proteínas, mapeamento físico de DNA, pesquisa de genes. Utilização de diversas ferramentas tendo em vista a identificação, caracterização, análise da possível função de proteínas